豬不可貌相!基因可衡量!“中芯一號”,打造優質種豬!
種業是國家戰略性、基礎性的核心產業。目前,我國的豬育種普遍采用進口基因芯片,這對“華系種豬”的推動非常有限。隨著我國豬全基因組測序研究的不斷深入和芯片技術的不斷發展,打造民族品牌的豬育種芯片已經成為可能,“中芯一號”應時而生。
“中芯一號”是什么
“中芯一號”是國內首款infinium XT-96格式豬育種SNP芯片。
“中芯一號”以江西農業大學黃路生院士團隊研究成果為基礎,集成了國內10所高等學校及科研院所在豬基因組研究領域的研究成果,自主設計,利用illumina平臺定制完成的基于基因組全序列芯片。
北京康普森生物技術有限公司為“中芯一號”唯一授權備貨公司。
“中芯一號”全面、精準、先進、實用、時效性強,是“華系種豬”實現良種國產化的利器,是中國豬育種行業真正崛起的力量,是分子技術服務產業、惠及民生的重要途徑。
“中芯一號”有哪些特性
一、全面性:
評估性狀全面:涵蓋豬從出生到屠宰整個生育期的繁殖、生長肥育、胴體、肉質、免疫等七大類、422個性狀。
評估群體全面:以杜長大、F2資源家系、兩頭烏、蘇太、嵌合家系、萊蕪、二花臉、巴馬香、疝氣等9個群體作為參考群。
單倍型庫全面:目前已有涵蓋杜、長、大主要商品品種及中國六大類型地方品種高覆蓋度的基因組全序列單倍型庫。
二、先進性:
按功能區分標記類型:因果突變、緊密關聯、一般關聯、基因組分布位點。
包含控制重組率基因:可通過重組增大表型變異,增進遺傳進展。
等位基因效應已知:部分功能檢測不需要構建參考群,新測表型可納入現有參考群中更新效應。
芯片可升級:可依據增測的表型數據和填充后的基因組全序列,不斷增加因果位點和緊密關聯位點數目,升級芯片。
重組冷熱點:考慮重組冷熱點,設計芯片分布密度。
實驗流程有何特點
“中芯一號”可進行大量樣本高效基因分型,每個樣本可以檢測多達51,368個位點,能夠實現100,000到1,000,000樣本/年的大規模檢測。簡化了定制實驗分析設計流程,樣本周轉時間縮短33%,由3天降至2天。
“中芯一號”工作流程改進圖
實驗時間為兩天:第一天,進行DNA擴增、酶促片段化、沉淀和重懸。隨后樣本過夜孵育的過程中與BeadChip雜交,DNA經退火得到位點特異性的50-mer探針,與某種Infinium微珠類型共價偶聯。
第二天,Infinium XT工作流程繼續酶基延伸賦予等位基因特異性,然后進行熒光染色。IScan儀檢測微珠的熒光強度,Illumina軟件自動執行分析和基因型識別。
“中芯一號”可擴展哪些應用
“中芯一號”可以進行少量位點的分析,尤其適用于品系,肉質追蹤,以及基因組選擇的應用。
“中芯一號”是GWAS研究的利器??蓪Χ鄠€個體在全基因組范圍的遺傳變異多態性進行檢測,獲得基因型,進而將基因型與可觀測的性狀,即表型,進行群體水平的統計學分析,根據統計量或P值篩選出最有可能影響該性狀的遺傳變異。
“中芯一號”也是GS研究的利器。通過檢測覆蓋豬全基因組的分子標記,利用基因組水平的遺傳信息對個體豬進行遺傳評估,可以獲得更高的育種值估計準確性。對早期難以度量的性狀進行選擇,縮短世代間隔,加速育種進程,從而節約大量的育種成本。估算個體基因組育種值,對育種場選育群體進行打分排名,實現早期精準選育。
“中芯一號”還可用于豬基因組其它方面的研究應用,不僅可獲得出色的數據質量和檢出率,還具有高度重現性,為用戶提供一如既往高品質的技術服務。
“中芯一號”現已上市,
適合“杜長大”等豬種的檢測,
也是助力“華系種豬”走向世界的利器,
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